《文史哲》的办刊基因可以概括为“让古典资源与时代精神深沉互动，从古典深海浮出时代水面”。这一基因，初步奠定于“十七年”时期所扮演的趋时的文史论战推动者角色。第二次复刊（1973）至20世纪末，在解放思想与改革开放的时代背景下，《文史哲》努力于“现代化=西方化”与“文化保守主义”之间寻找“中道”，形成了主打不温不火的中国古典人文学术研究的风格。这段历程进一步锤炼了前述办刊基因，使得以主编为代表的《文史哲》人对何为“古典资源”与“时代精神”有了更具纵深感和广阔度的体认，从而在21世纪前十年领先大流“半步”，预见当今中国文化发展的战略调整。凭借领先“半步”的预见，《文史哲》编辑部在过去十余年间，通过推动儒学价值重估、与《中华读书报》联袂评选发布年度中国人文学术十大热点、创办《文史哲》国际版（英文版）等措施，较为自觉而突出地参与了以“重建中国主体意识”为特征且目前仍在深刻演进中的学术大转型。